Cốt truyện Army Men: Soldiers of Misfortune xoay quanh nhân vật chính Timmy là một chú nhóc đang trong độ tuổi đi học ở thế giới thực, nhân một dịp tình cờ ra tay giải cứu một lữ đoàn của phe Green đang bị quân lính phe Tan truy đuổi, để rồi chính cậu tự nguyện giúp đỡ quân Green chống lại lực lượng xung kích của phe Tan sau khi được biết về tham vọng điên cuồng của chúng. Bằng cách tự mình tưởng tượng hóa thân vào một thế giới thu nhỏ mà cậu chỉ cao có chút xíu (khoảng gần 8 cm). Được trang bị những loại vũ khí đồ chơi quen thuộc cùng bộ quân phục yêu thích của mình và sự trợ giúp đắc lực của những người lính phe Green đã giúp Timmy đủ sức chặn đứng âm mưu thống trị toàn cầu của phe Tan thông qua việc chiếm đoạt ngôi nhà của cậu bé. Trải qua hàng loạt nhiệm vụ và thử thách khó khăn, cuối cùng Timmy và những người lính của phe Green đã tiêu diệt đội quân xâm lược của phe Tan, rồi cậu đích thân đưa tiễn những người lính này quay trở về thế giới nhựa.